유방암 데이터로 양성/악성을 분류 예제

1.Stacking 원리

실습:knn, random forest, decision tree 알고리즘을 사용하여 모델링을 통해 얻은 예측값을 logistic regression으로 최종모델링하여 결과를 얻음

# 필요한 라이브러리 불러오기
import numpy as np

from sklearn.neighbors import KNeighborsClassifier
from sklearn.ensemble import RandomForestClassifier
from sklearn.ensemble import AdaBoostClassifier
from sklearn.tree import DecisionTreeClassifier
from sklearn.linear_model import LogisticRegression

from sklearn.datasets import load_breast_cancer
from sklearn.model_selection import train_test_split
from sklearn.metrics import accuracy_score

# 데이터셋 불러오기
cancer_data = load_breast_cancer()

# 독립변수, 종속 변수 분리
X_data = cancer_data.data
y_label = cancer_data.target

# 비율에 맞게 데이터셋 분할 
X_train , X_test , y_train , y_test = train_test_split(X_data , y_label , test_size=0.2 , random_state=0)

# 개별 ML 모델을 위한 Classifier 생성.
# knn, random forest, decision tree, AdaBoost의 모델 결과값 생성 
knn_clf  = KNeighborsClassifier(n_neighbors=4)
rf_clf = RandomForestClassifier(n_estimators=100, random_state=0)
dt_clf = DecisionTreeClassifier()
ada_clf = AdaBoostClassifier(n_estimators=100)

# 최종 Stacking 모델을 위한 Classifier생성. 
lr_final = LogisticRegression(C=10)

# 개별 모델들을 학습. 
knn_clf.fit(X_train, y_train)
rf_clf.fit(X_train , y_train)
dt_clf.fit(X_train , y_train)
ada_clf.fit(X_train, y_train)

# 학습된 개별 모델들이 각자 반환하는 예측 데이터 셋을 생성하고 개별 모델의 정확도 측정. 
knn_pred = knn_clf.predict(X_test)
rf_pred = rf_clf.predict(X_test)
dt_pred = dt_clf.predict(X_test)
ada_pred = ada_clf.predict(X_test)

print('KNN 정확도: {0:.4f}'.format(accuracy_score(y_test, knn_pred)))
print('랜덤 포레스트 정확도: {0:.4f}'.format(accuracy_score(y_test, rf_pred)))
print('결정 트리 정확도: {0:.4f}'.format(accuracy_score(y_test, dt_pred)))
print('에이다부스트 정확도: {0:.4f} :'.format(accuracy_score(y_test, ada_pred)))

pred = np.array([knn_pred, rf_pred, dt_pred, ada_pred]) #4개의 모델 결과이므로 행수는 4

# transpose를 이용해 행과 열의 위치 교환. 컬럼 레벨로 각 알고리즘의 예측 결과를 피처로 만듦. 
pred = np.transpose(pred)
print(pred.shape)

2. CrossValidation기반 stacking

# 필요한 라이브러리 import
from sklearn.model_selection import KFold
from sklearn.metrics import mean_absolute_error

# 개별 기반 모델에서 최종 (메타) 모델이 사용할 학습 및 테스트용 데이터를 생성하기 위한 함수. 
def get_stacking_base_datasets(model, X_train_n, y_train_n, X_test_n, n_folds ):
    # 지정된 n_folds값으로 KFold 생성.
    kf = KFold(n_splits=n_folds, shuffle=False)
    # 추후에 메타 모델이 사용할 학습 데이터 반환을 위한 넘파이 배열 초기화 
    train_fold_pred = np.zeros((X_train_n.shape[0] ,1 ))
    test_pred = np.zeros((X_test_n.shape[0],n_folds))
    print(model.__class__.__name__ , ' model 시작 ')
    
    for folder_counter , (train_index, valid_index) in enumerate(kf.split(X_train_n)):
        #입력된 학습 데이터에서 기반 모델이 학습/예측할 폴드 데이터 셋 추출 
        print('\t 폴드 세트: ',folder_counter,' 시작 ')
        X_tr = X_train_n[train_index] 
        y_tr = y_train_n[train_index] 
        X_te = X_train_n[valid_index]  
        
        #폴드 세트 내부에서 다시 만들어진 학습 데이터로 기반 모델의 학습 수행.
        model.fit(X_tr , y_tr)       
        #폴드 세트 내부에서 다시 만들어진 검증 데이터로 기반 모델 예측 후 데이터 저장.
        train_fold_pred[valid_index, :] = model.predict(X_te).reshape(-1,1)
        #입력된 원본 테스트 데이터를 폴드 세트내 학습된 기반 모델에서 예측 후 데이터 저장. 
        test_pred[:, folder_counter] = model.predict(X_test_n)
            
    # 폴드 세트 내에서 원본 테스트 데이터를 예측한 데이터를 평균하여 테스트 데이터로 생성 
    test_pred_mean = np.mean(test_pred, axis=1).reshape(-1,1)    
    
    #train_fold_pred는 최종 메타 모델이 사용하는 학습 데이터, test_pred_mean은 테스트 데이터
    return train_fold_pred , test_pred_mean

# train set의 모델결과값, test set의 모델 결과값을 각각 변수에 저장
knn_train, knn_test = get_stacking_base_datasets(knn_clf, X_train, y_train, X_test, 7)
rf_train, rf_test = get_stacking_base_datasets(rf_clf, X_train, y_train, X_test, 7)
dt_train, dt_test = get_stacking_base_datasets(dt_clf, X_train, y_train, X_test,  7)    
ada_train, ada_test = get_stacking_base_datasets(ada_clf, X_train, y_train, X_test, 7)

Reference

• 파이썬 머신러닝 완벽 가이드(위키북스)