설치
- SLEAP은 Windows, Linux, Mac OS x에 python 패키지로 설치할 수 있다.
- SLEAP에는 복잡한 종속성이 많이 필요하므로, Miniconda를 활용하여, 격리된 환경에서 설치하는 것이 좋다.
미니콘다 설치
- Anaconda는 컴퓨터의 다른 Python 소프트웨어에 영향을 주지 않고 SLEAP의 필요한 종속성을 쉽게 설치할 수 있도록 하는 Python 환경 관리자이다.
- Miniconda는 Anaconda의 경량 버전이다.
설치
wget -nc https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh && bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh -b && ~/miniconda3/bin/conda init bash
- Mac
wget -nc https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-MacOSX-x86_64.sh && bash Miniconda3-latest-MacOSX-x86_64.sh -b && ~/miniconda3/bin/conda init zsh
SLEAP 설치
conda 패키지
conda create -y -n sleap -c sleap -c nvidia -c conda-forge sleap=1.2.8
- 권장되는 설치 방법이며, Windows와 Linux에서 작동한다.
- 또, CUDA와 함께 제공된다. CUDA가 이미 있다면, 충돌하지 않고, GPU 가 없어도 작동한다.
conda github에서
- 먼저 git설치 확인
git --version
- 저장소 복제
git clone https://github.com/talmolab/sleap && cd sleap
- 환경파일 설치
conda env create -f environment.yml -n sleap
- NVIDIA GPU가 없는 경우 no CUDA환경 파일을 사용해야한다.
conda env create -f environment_no_cuda.yml -n sleap
- Windows, Linux 및 Mac OS X에서 작동한다.
pip 패키지
pip install sleap==1.2.8
m1 맥
작동 테스트 하기
conda 환경
conda activate sleap
- 가상환경이름이 생각나지 않는다면,
conda env list명령어로 가상환경 리스트를 확인할 수 있다.
GUI환경
- GUI가 작동하는지 확인하려면,
sleap-label
- 몇 분 안에 SLEAP 라벨링 인터페이스 팝업이 표시되어야 한다.
업그레이드 및 제거
- 업데이트를 할 떄에도, 기존 SLEAP은 삭제하고 새로 설치하는 것이 좋다. 종속성 버전이 변경될 수 있고, 호환성이 손상될 수 있기 때문이다.
기존 환경 삭제
conda env remove -n sleap
Talking Potato