0. 개요
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PDB ID : 분자 구조 정보를 저장하는 PDB(Protein database bank)에서 사용하는 식별 ID, 약 20만개가 넘으며 계속해서 추가되고 있음
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Protein : 아미노산으로 이루어진 고분자 분자로, PDB에 등록된 많은 분자 구조의 대부분임
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Peptide : 주로 작은 크기의 단백질과 관련이 있으며, 일반적으로 단백질의 일부분으로 형성됨.
=> PDB ID는 Protein 및 Peptide의 분자 구조 정보를 식별하는 데 사용
1. 사전 작업
3Dmol 라이브러리를 사용하기 이전에 pdb파일의 형식에 문제가 없는지 확인해보고자 한다.
1. 3dmol-tutorial pdb파일
3dmol에서 제공하는 tutorial에서 사용한 1YCR.pdb파일- ⑴을 로컬로 가져온다.
scp user@remote.server.com:/home/user/files/example.txt C:\Downloads\
protein > 1YCR.A.pdb
peptide > 1YCR.B.pdb
complex > 1YCR_A_B.pdb - ⑵
⑴과 ⑵의 파일 내부를 비교해보고자 Win-Merge tool을 사용하였으나, 육안상 비교가 힘든 상황
2. pdb-tools의 "pdb_tidy" 사용
pdb-tool의 도움을 받아 내가 병합한 PDB파일에 오류가 있는지 확인해보자.
pdb_tool : python으로 작성된 pdb 분석 도구
pdb_tidy : pdb파일 정리 도구. PDB 파일의 구조를 개선하고, 데이터 오류를 수정하여 분석에 용이
